Blenderは頂点Colorを持つPLYには対応している。一方でFace ColorのPLYには対応していないらしい。ざっと調べた限りでは。
あたりから頂点色を持つPLYファイルを用意する。
Blenderで普通に[File]→[Import]→Stanford (.ply) で読み込む
Vertex Paintモードに移行すると、PLYから読み込んだ頂点色を確認できる。
[Shift+A]→[Input]→Attribute
のノードを追加し、Vertex Colorsの名前を設定する
Blender 2.8 の Eevee でも全く同じようにできる。